Göktürk İmparatorluğu ortadan kalkınca, 743 yılında Basmillerin idaresinde yeni bir devlet kuruldu. Uygurlar bu Basmil Kağanlığı'nın Sol Yabgusu, yani doğu Yabgusu; Karluklar ise, Sağ Yabgusu, yani batı Yabgusu oldular. Bu yeni devlet, tam bir federal devlet biçimindeydi.
744 yılında Uygur Yabgusu, Basmil Kağan'ını mağlûp ederek kendini kağan ilân etti. Kağanlık unvanı olarak da Kutluk Bilge Kül Kağan unvanını aldı. Böylece Uygur Kağanlığı kurulmuş oldu.
Uygurlar (Uygur Devleti), Şehir hayatına geçen ilk Türk Devleti olmasının yanında tarih, sanat ve kültürel yönlerden büyük bir medeniyet kurmuş ve günümüze kadar varlıklarını devam ettirmişlerdir.
Uygurlar, kadim Türk tarihinin önemli parçalarından biri olan ve Türklerin en eski topluluklarından olan Töles'lerin bir boyudur.
Uygurların Ana yurtlarının Orhun ve Selenga vadileri olduğu tespit edilmiştir. Varlıklarını Büyük Hun İmparatorluğu döneminden beri bu bölgede idame ettiren Uygurlar çoğu zaman Dere Beyliği şeklinde kabileler olarak yönetilmiş, kimi zaman kabileler federasyonlarla birleşerek ortak kültürü paylaşmış ve gerek Çin, gerekse bölgesindeki diğer bölgesel güçlere karşı kendilerini korumuşlardır.
Hun döneminin sona ermesi ve Göktürk olarak tabir ettiğimiz Türk Birliğinin oluşmasıyla ortaya çıkan Büyük Türk Federasyonu döneminde sahip oldukları beylik Türk Birliğine İlhak edilmiştir. 680 yılına gelindiğinde Asyadaki Türk Birliği yeniden kuruluyordu.
Göktürk Devletinin 657'de tamamen yıkılmasıyla Çin boyunduruğuna giren ve Türklerin 23 yıl süren Çin Esareti, 680 yılında ortaya çıkan İkinci Göktürk Devleti (Kutluklar) ile Türk Dünyası kabuk değiştirmeye başlamıştı.
35 yıl boyunca Göktürk hakimiyeti altında kalan Uygurlar, Göktürklerin zaman içerisinde güç kaybetmesiyle isyan ederek 716 yılında tekrar kendi yönetimlerini oluşturdular.
Bu ayrılıktan sonra Göktürklerin giderek zayıflaması ve Göktürklere bağlı olan diğer güçlü kavimler olan Basmıl ve Karluklarında kendilerine katılmasıyla güç kazandılar. 743 yılında kurulan Kağanlığın sol yabguluğu (Doğu yabguluğu) Basmiller, sağ yabguluğu (Batı yabguluğu) Karluklar tarafından idare edilmekteydi.
Uygurlar, yeni kağanlık döneminde Göktürklere karşı birlikte hareket ettikleri Basmıl ve Karluk boylarıyla mücadele içerisine giriştiler. Bu mücadeleyi kazanan Uygurlar, Basmıl ve Karluk boylarını mağlup ederek kağanlığın yönetimini ele geçirdi.
Uygurlar, bu döneme kadar Dokuz Oğuzlar olarak anılmaktaydı. Dokuz Oğuzlar dokuz ayrı oğuz boyundan meydana gelmekteydi. 744'deki bu mücadele neticesinde Basmil ve Karluk boylarınıda kendilerine katarak toplamda 11 boya ulaştılar. Daha önceki birliklerinin adı olan Dokuz Oğuz ifadesi, iki yeni boyunda katılımıyla Uygurlar (Akraba ve müttefikler) olarak geçmeye başlamıştır.
Uygurlar, Çinlilerle yaşadıkları etkileşim sonucunda Maniheizm dinini benimsemişlerdir. Bu din savaşmayı ve et yemeyi yasakladığı için tarımsal üretime başlamışlar ve buna bağlı olarak yerleşik hayata geçen ilk Türk devleti olmuşlardır.
Mimarisi gelişmiş olan bu devlet çivicilik sanatında bir hayli gelişmiştir. Moğolların Türkleşmesinde etkili olmuşlardır.
İlk Müslüman Türk devleti olan Karahanlılar'la mücadele etmişlerdir.
18 harfli Uygur Alfabesine sahip olup hareketli matbaayı kullanmışlardır. Tore adındaki devlet kanunlarını yazılı hale getirmişlerdir.
Uygurların sonunu getiren şey ise Çinlilerin Türklere bulaştırdığı Maniheizm dini olmuştur. Bu din Uygurları sanat ve ticarette geliştirmiştir lakin dinlerinde, savaş tamamen yasak olduğu için tarihi boyunca savaşçı olan Türklerin savaşçı kişiliklerini kaybetmelerini sağlamıştır. Böyle olunca Uygurlar askeri yönden çok güçsüzleşmiştir.
Devlet otoritesi kaybolan Uygurlar, kurdukları muazzam medeniyetin yıkılmasıyla geniş kütleler halinde göç etmeye başladılar.
Bu yoğun göç hareketlerinden Kansu bölgesine göç eden Uygur topluluklarına "Sarı Uygurlar", Turfan bölgesine göç edenlere ise "Turfan Uygurları" ünvanı verilmiştir.
